細胞系指原代細胞培養物經*傳代成功后所繁殖的細胞群體，也指可長期連續傳代的培養細胞。現在細胞系廣泛的應用于科學研究和藥物生產，用途包括：
1、科學研究：藥物研究開發與基礎
研究藥物研究與開發
（1）新藥篩選：如化學合成藥物藥效研究、中藥有效成分篩選與鑒定等。
（2）疫苗研究與開發：如病毒性疫苗的研究與開發（肝炎病毒疫苗、艾滋病疫苗等）、腫瘤疫苗(多肽疫苗)等。
（3）基因工程藥物研究與開發：如干擾素研究與開發，細胞生長因子研究與開發等。
（4）細胞工程藥物研究與開發：生物活性多肽研究與開發，人參皂甙、紫杉醇等生物活性成分研究與開發。
（5）單克隆抗體制備：包括診斷用單克隆抗體，治療用單克隆抗體。
基礎研究
（1）藥物作用機理
（2）基因功能
（3）疾病發生機理
2、生物制藥
（1）疫苗生產：如病毒性疫苗（肝炎病毒疫苗、艾滋病疫苗等）、腫瘤疫苗(多肽疫苗)等。
（2）基因工程藥物生產：如在臨床醫學中具有治療價值的一些細胞生長因子如干擾素、粒細胞生長因子、胸腺肽等。
（3）診斷用和藥用單克隆抗體生產。
（4）細胞工程藥物生產：生物細胞內的一些生物活性多肽，生物活性物質等。